Una herramienta geoinformática para extraer información del depósito de datos en línea “Global Biodiversity Information Facility (GBIF)”

En Research for Development SCT (R4Dsct), en numerosas ocaciones nos hemos visto en la necesidad de trabajar con las bases de datos taxonómicas obtenidas a través del “Global Biodiversity Information Facility (GBIF)”. En este depósito de datos en línea se puede obtener valiosa información taxonómica acerca de millones de organismos biológicos encontrados en miles de colecciones alrededor del mundo. Mucha de esta información se encuentra geocodificada, por lo que utilizando un sistema de información geográfica, fácilmente se puede proyectar sobre un mapa. No obstante, estas bases de datos suelen ser muy grandes y difíciles de manipular. Además, estas requieren de mucha preparación para garantizar que el análisis de datos se realice de una manera adecuada. Con el motivo de facilitar la extracción y análisis de estos datos, en R4Dsct hemos desarrollado una serie de scripts geoinformáticos, los cuales nos complace compartir con nuestros socios y el público en general.

A la hora de realizar estudios de impacto ambiental o evaluaciones de la biodiversidad de algún sitio de interés, la información de campo y los inventarios de biodiversidad suelen ser muy limitados, deficientes y en el peor de los casos, inexistentes. Tomando en cuenta la amplia cobertura y extensión de los datos obtenidos a través de GBIF, estas bases de datos ofrecen una excelente manera de establecer una línea base incurriendo en bajos costos económicos. Claramente existen importantes limitaciones con estos datos, por ejemplo: los métodos de muestreo son muchos y poco compatibles y la información taxonómica en muchas ocasiones es de mala calidad. Adicionalmente, cuando las bases de datos suelen ser muy extensas, su manipulación utilizando herramientas como hojas de cálculo puede ser muy dificultosa. A continuación, describimos una serie de scripts geoinformáticos que hemos elaborado para facilitar el análisis de estas bases de datos. Para demostrar su aplicación, presentamos como caso de estudio los resultados de un análisis de la biodiversidad reportada en los datos obtenidos en GBIF para las áreas protegidas en Honduras utilizando la herramienta geoinformática desarrollada por R4Dsct.

 

¿En qué consiste el script?

El script desarrollado por R4Dsct se puede encontrar en este depósito de GitHub. Consiste en un programa desarrollado en QGIS 2.18 utilizando Python 2.7. Por ello para garantizar que el script funcione óptimamente, se debe correr en la consola de Python de dicho programa.

El propósito del script es, para un conjunto de zonas, extraer la información taxonómica de una base de datos espacial construida a partir de una colección de GBIF ya proyectada en un shapefile con geometría de puntos (fig. 1). En futuras entradas compartiremos un script de R para descargar y modificar la base de datos GBIF.

 

GBIFHn_map

Fig. 1 Mapa representando la localización de las ocurrencias GBIF y las áreas protegidas en Honduras

 

El script construye para cada zona:

  1. Un shapefile individual representando los límites de la zona
  2. Un shapefile individual de las ocurrencias (puntos) intersecadas por la zona
  3. Una lista (tabla .csv) con las especies, sus frecuencias y su estatus de conservación según el listado Red List Species de la IUCN.

Aplicación: ocurrencias GBIF en las áreas protegidas de Honduras

Utilizando este script, realizamos un análisis de las especies reportadas en GBIF encontradas en las áreas protegidas de este país. En total, se analizaron automáticamente 94 áreas protegidas y más de 300 000 ocurrencias. Los listados para cada áreas protegida se pueden obtener en este folder.

 

EjemploTabla

Ejemplo de la tabla resumen creada para cada zona. En este caso la zona es un parque nacional

 

Los resultados también se pueden observar en este web map donde se representa la ubicación e información básica de las mismas. El mapa en línea además presenta estadísticas básicas sobre el análisis de la información recolectada en la base de datos GBIF.

 

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